中國科學(xué)院生態(tài)環(huán)境研究中心始建于1975年，前身為中國科學(xué)院環(huán)境化學(xué)研究所。經(jīng)國家科委和中國科學(xué)院批準，1986年與中國科學(xué)院生態(tài)學(xué)研究中心（籌）合并，改為現(xiàn)名。1996年5月，經(jīng)中國科學(xué)院和國家環(huán)境保護總局協(xié)商決定，實行中國科學(xué)院和國家環(huán)境保護總局雙重領(lǐng)導(dǎo)，在沿用中國科學(xué)院生態(tài)環(huán)境研究中心原名的同時，啟用中國科學(xué)院、國家環(huán)境保護總局生態(tài)環(huán)境研究中心。
